仙鹤寺在南门街北段西侧，原名礼拜寺。该寺于南宋德祐元年（1275年），由伊斯兰教创始人穆罕默德第十六世裔孙阿拉伯人普哈丁来扬州传教时募款建造，至今已七百多年。在兴建此清真寺时就按鹤的形体从“嘴”到“尾”布局。大门对面原有照壁墙为“鹤嘴”（1958年拆毁）；寺门是仿唐建筑，翘角牌楼，犹如鹤首昂起；从寺门至大殿，是一条狭长弯曲的甬道，形似鹤颈；大殿相当于鹤身；大殿南北两侧有飞檐起翘的半亭，如同鹤翼（南侧半亭即望月亭，北侧半亭已圮）；大殿后左右两侧庭院，有古柏两株，谓之鹤足；殿后原临河，遍植竹篁，形如鹤尾（填汶河筑路后竹篁不存）；大殿前，左右两侧各有水井一眼视为鹤目。
这座礼拜寺的总体布局，无论是平面布置或立体空间，均似鹤形，且运用中国传统设计手法，形成几个封闭的院落，缀以花木，山石，使寺院环境更为生色。建筑组合主次分明，协调对称，严格遵循伊斯兰教的礼仪制度，设计构思十分巧妙。