九万山位于桂北黔南，核心区在广西融水苗族自治县三防镇、汪洞乡一带。九万山群峰连绵，总面积约1204平方公里，区域内有大面积元古代前震旦系地层出露，为广西区内出露的最古老的地层之一。
由于不曾受第四纪冰川的严重破坏，加上受人为破坏较小，山里保存了许多古老和孑遗植物以及丰富的动植物化石。在很大程度上反映了广西北部森林原始自然本体。大山有高等植物共303科1237属3332种，种类约占广西全区高等植物的45%。
九万山原始森林覆盖面达到98%以上，还有高等植物杜鹃、木莲、野牡丹属、百合属等数十属，仅属于兰科的野生花卉就达80多种，其中名贵珍品含笑花就有11种。这里的物种资源仅次于西双版纳，是我国第二大基因库。山里，古代生观音座莲属、石杉属至今依然生长茂盛。国家一类保护植物、与恐龙同时代、被称为“活化石”的桫椤在溪边亭亭玉立，时时可见。
在漫长的地质构造运动中，九万山形成了西北高、东南低的地貌骨架，区域内海拔1500米以上的同峰有14座，最高处老山海拔1683米，最低处融水河口村170米，形成山体的峭陡，溪谷的深切和地形的变化多端。